Fibromiyaljinin nedeni tam olarak bilinmemektedir.
Hastalığın sebepleri üzerine yapılan çalışmalar genellikle
hastaların neden ağrı hissettiklerini açıklamaya odaklanmıştır.
Bunlardan biri, fibromiyaljiyi beyindeki ağrıyı algılayan bölgelerdeki ağrı eşiğinin düşmesiyle açıklar.
Bu teoriye göre normalde ağrı hissedilmeyen durumlarda, ağrı eşiğinin düşüklüğü sebebiyle aşırı derecede ağrı hissedilir.
Diğer teori ise, fibromiyaljiyi ağrıyı algılayan reseptörlerin daha duyarlı hale gelerek küçük bir ağrının bile büyük bir ağrı gibi
algılanması ve bu nedenle vücutta aşırı tepki oluşması olarak yorumlar.Bu hastalığın oluşmasında genetik ve çevresel faktörler olmak
üzere iki husus üzerinde durulur.Genetik faktörler hastalık açısından çok önemlidir. 1. derece akrabalarında fibromiyalji hastalığı görülen
kişilerde bu hastalığa yakalanma oranı 8 kat daha fazladır. Ancak yapılan çeşitli araştırmalar sonucu genetik yatkınlık dışında, fibromiyaljiyi
tetikleyen çevresel faktörlerin de olduğu ortaya çıkmıştır.Çevresel etkenler ise daha çeşitlidir. Bilinen çevresel etkenlerin başında bazı enfeksiyonlar
gelir. Enfeksiyonlar, doğrudan fibromiyaljiyle ilişkilendirilmese de hastalığın oluşumuna etki edebileceği düşünülmektedir. Bu sebeple hasta öyküsü
alınırken önceden geçirilmiş enfeksiyonlar da göz önünde bulundurulmalıdır.Genel olarak stresli bir hayat tarzının vücuda pek çok olumsuz etkisi bulunur.
Stresin, hormonların işleyişinde bozulmalara sebep olarak fibromiyaljiyi tetiklediği düşünülmektedir. Stres, çocuklukta ya da yetişkinlikte yaşanan duygusal
veya fiziksel travmalar sonucu da oluşabilir. Bu durumda fibromiyaljinin ortaya çıkmasına travma ve stres bir arada etki edebilir.Fibromiyaljiyi tetikleyen faktörler
arasında üstünde durulan bir diğer konu, kişinin karakter yapısıdır. Bazı kişiler, olaylar karşısında daha hassas olabilir ya da strese daha yatkın bir kişiliğe sahip olabilir.
Özellikle mükemmeliyetçi kişiler, iş ortamında ya da günlük hayatında yoğun stres altında kalarak fibromiyaljiye daha yatkın hale gelebilirler.
Hamilelik veya menopoza girme dönemi migrenin ortaya çıkmasına neden olabileceği gibi, var olan migren ataklarının seyrini değiştirebilir. Oral kontraseptif (doğum kontrol hapları) ve hormon replasman (yerine koyma) tedavisi gibi hormon ilaçlar da migrenin seyrini kötüleştirebilir. Bazı gıda maddeleri; eskimiş küflü peynir, turşular, tuzlu ve işlenmiş gıdalar migreni tetikleyebilir. Birçok yiyecekte bulunan tatlandırıcı aspartam ve koruyucu monosodyum glutamatın, migreni tetikleyebildiği bilinir. Yemek düzeninin değişmesi örneğin; öğün atlamak ya da aşırı yemek de migren atağının ortaya çıkmasını kolaylaştırabilir.